Ба ҳайати МД «ТоҷикНИИГиМ» шӯъбаҳо ва муассисаҳои зерин дохил мешаванд:
- шӯъбаи техника ва технологияи обёрӣ;
- шӯъбаи захираҳои об ва кадастр;
- шӯъбаи мелиоратсия;
- шӯъбаи истифодабарии хоҷагии об;
- шӯъбаи иќтисодиёти хоҷагии об;
- шӯъбаи такмили ихтисоси кормандони соҳаи об.
Сохтори шӯъбаҳои илмӣ
- Маркази илмию тадқиқотии Ҳисор (н.Рӯдакӣ);
- Маркази илмӣ таҷрибавии н.Ҷалолиддин Балхӣ;
- Маркази илмӣ – муҳандисии ш.Бохтар дар вилояти Хатлон;
- Пойгоҳи илмӣ-таҷрибавии Суғд (н.Бобоҷон Ғафуров).