После приобретения республикой в 1991г. государственной независимости и социально – экономическое, экологическое и политическое положение, изменилось и поэтому институт молодого государства ставил перед собой качественно новые задачи которые выразились в разработке основных направлений научных работ и задач стоящих перед ГУ «ТаджикНИИГиМ» и его подразделениями:
- Определение единой водохозяйственной политики с учетом интересов населения и отраслей народного хозяйства Таджикистана;
- Институциональные исследования водохозяйственной отрасли и мелиоративной науки;
- Участие в межгосударственных программах по решению водохозяйственных и экологических проблемах ИУВР;
- Выполнение работ по научно-техническим программам водосбережения, энергосбережения и мелиоративной экологии;
- Подготовка информационных материалов о научно- технических достижениях и передовом опыте в водном секторе и орошаемом земледелии;
- Разработка и применение системы мер по совершенствованию и созданию новых средств измерений и учета воды;
- Разработка нормативных материалов по эффективному управлению водными ресурсами и устойчивому развитию народного хозяйства Таджикистана;
- Подготовка и переподготовка высококвалифицированных отраслевых специалистов водного и аграрного секторов;
- Разработка и внедрение методов и критериев гидрогеолого-мелиоративного контроля на орошаемых землях;
- Развитие кооперативных связей по внедрению водосбрегающих технологий и технических средств, обеспечивающих эффективную работу систем орошения и водопользования;
- Создание информационной системы, позволяющей постоянно оценивать и прогнозировать эффективность использования водных и земельных ресурсов;
- Использование способов анализа качества воды сельскохозяйственного назначения;
- Совершенствование технологии орошения сельскохозяйственных культур при различных способах орошения (бороздковый, капельный, дождевание, подпочвенный);
- Разработка водного кадастра республики;
- Разработка и внедрение методов ценообразования на доставку воды и стоимость водных ресурсов;
- Создание региональных и национальных информационных систем водных ресурсов.